계산 연구

재현 절차

공개한 결과를 고정 입력에서 다시 만드는 명령과, 재실행을 바이트 단위로 대조할 수 있게 증거 파일마다 SHA-256을 적습니다.

프로젝트 루트에서 Python 3.10 이상으로 실행합니다. 외부 패키지는 필요 없습니다. 하네스의 실행기와 감사기는 같은 파일 권한으로 돕니다. 별도 호스트, 컨테이너, 감사자 본인의 재실행은 하지 않았습니다.

python3 -B engine/run_audit.py --verify evidence/audit.json

sh gate1/rare19/replay.sh
python3 -B gate1/assemble.py --check

python3 -B -m acmg19.summarize --check
python3 -B -m acmg19.evaluate > /tmp/acmg19-recheck.json
cmp acmg19/result.json /tmp/acmg19-recheck.json
python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_acmg19.py'
python3 -B -m acmg19.orchestrate --vcf acmg19/inputs/examples/PAH-02-P.vcf --case acmg19/inputs/examples/PAH-02-P.json --claims acmg19/inputs/examples/PAH-02-P.claims-from-memory.json

python3 -B -m cog16.orchestrate --check evidence/cog16-run.json
python3 -B -m cog16.audit --run evidence/cog16-run.json --output evidence/cog16-audit.json
python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_cog16_*.py' -v

python3 -B -m dispense18.orchestrate --output evidence/dispense18-run.json
python3 -B -m dispense18.audit --run evidence/dispense18-run.json --output evidence/dispense18-audit.json
python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_dispense18.py' -v

python3 -B -m prevent12.orchestrate --output evidence/prevent12-run.json
python3 -B -m prevent12.audit --run evidence/prevent12-run.json --output evidence/prevent12-audit.json
python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_prevent12.py' -v

python3 -B -m rare19.orchestrate --output /tmp/rare19-run.json
python3 -B -m rare19.audit --run /tmp/rare19-run.json --output /tmp/rare19-audit.json

python3 -B -m synth8.orchestrate --output evidence/synth8-run.json
python3 -B -m synth8.audit --run evidence/synth8-run.json --output evidence/synth8-audit.json
python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_synth8.py' -v

python3 -B scripts/build_site.py --validate
python3 -B scripts/build_site.py
./scripts/check